A nove anni dall'inizio del suo pontificato, Papà Francesco ha compiuto trentasette viaggi, dal primo a Lampedusa agli ultimi in Medio Oriente e in Canada. Nel frattempo ha visitato 53 paesi, tra Europa, America, Asia, Africa, affrontando nei suoi discorsi le grandi questioni aperte della contemporanea: la povertà, lo sfruttamento ambientale, i movimenti migratori, i conflitti fra le nazioni, la necessità di nuove forme di solidarietà, le responsabilità della Chiesa nei casi di pedofilia denunciati e insabbiati... Gianfranco Rosi ripercorre le missioni del Pontefice facendo dialogare le immagini ufficiali con i filmati d'archivio, alcuni frammenti dei suoi film e riprese effettuate per l'occasione.

La missione pastorale di Papa Francesco è andata delineandosi nel tempo come una testimonianza della sofferenza nel mondo: in un simile percorso Gianfranco Rosi ha cercato e trovato legami con il proprio lavoro.

Inevitabile, dunque, per il regista e per lo spettatore di In viaggio, trovare nelle immagini della visita a Lampedusa un'eco più che evidente di Fuocoammare (le voci agghiaccianti dei naufraghi che in mare chiedono aiuto, le missioni di salvataggio, l'accoglienza sull'isola) o in quelle dei viaggi in Iraq o Kurdistan un richiamo ai luoghi e alle storie di Notturno. In modo meno diretto, ma non per questo meno potente, si ritrova poi in Messico e in America Latina il contesto da cui nascevano i racconti di Sicario. L'aspetto più interessante di In viaggio, e dunque la sua giustificazione nella filmografia del regista, è il legame fra la visione cosmopolita e umanista di Papa Bergoglio e lo sguardo documentaristico di Rosi. Non per forza una comunanza di idee tra i due soggetti, ma piuttosto una vicinanza di posizioni, di punti di vista. Non un dialogo diretto, come succedeva nel film di Wim Wenders Papa Francesco - Un uomo di parola, ma uno sguardo a distanza, un confronto. Da documentarista Rosi osserva, confronta, amplia la prospettiva e usa le immagini per confrontarsi con il proprio soggetto. Il suo racconto non sta dalla parte di Francesco, bensì dietro (come mostrano molte delle riprese alle spalle del Pontefice sulla Papa-mobile), o di fronte, provando a scorgere debolezze e incertezze che sovente spezzano l'ufficialità dei discorsi scritti e delle riprese ufficiali. Il film ha un andamento cronologico: Messico e Israele nel 2014, Filippine e Repubblica Centrafricana nel 2015, Cuba e Stati Uniti nel 2016, Giappone nel 2019, Iraq nel 2021 e così via. Le immagini mostrano i discorsi, le folle festanti, le delegazioni in visita, montate con riprese generiche a cui le parole del Papa fanno riferimento: la povertà dei continenti sudamericano e africano, le catastrofi ambientali, le guerre, il mercato delle armi, i campi profughi e le città in macerie, lo sfruttamento, il ricordo del genocidio armeno, le colpe della Chiesa nei casi di pedofilia registrati in tutto il mondo o nell'annientamento delle popolazioni indigeni canadesi...